Elle commence en 1835 lorsque la Ville de Paris attribue une concession à un prestidigitateur, prélude à la construction d’une petite salle appelée les Folies-Marigny.
Mais c’est sous la direction d’Offenbach que le théâtre fut inauguré en 1855 et connut dans les années suivantes, grâce à ce dernier, les plus grands succès.
L’architecture circulaire actuelle, conçue par Charles Garnier l’architecte de l’Opéra de Paris, date des années 1880.
A partir de 1910, Le théâtre connaît une nouvelle période de grands succès sous la direction d’Abel Deval, puis de Léon Volterra qui, en 1925, le fit reconstruire pour y installer une salle spacieuse et confortable. De 1940 à 1945, le Théâtre Marigny vit sur son répertoire, affichant les titres à succès.
En 1946, Léon Volterra abandonne la direction de Marigny à Simone Volterra. La nouvelle directrice fait connaître au théâtre Marigny une période glorieuse puisqu’il devient le phare des années d’après-guerre.
En 1965, une nouvelle direction à trois têtes : Elvire Popesco, Hubert de Malet et Robert Manuel, redonne vie au théâtre en réaménageant la salle devenue depuis la plus luxueuse et la plus élégante de la capitale.
En 1978, Jean Bodson prit en main les destinées du théâtre et, pour inaugurer sa direction, effectue de très gros travaux de rénovation dans la salle , le hall et crée la Salle Gabriel, petit théâtre de 311 places, dont la réussite, sur les plans artistique, architectural et acoustique, est telle qu’à son ouverture l’enthousiasme est général.
Mais Jean Bodson disparaît brutalement en janvier 1980. C’est Christiane Porquerel qui lui succède en s’assurant de la collaboration directoriale de Jean-Jacques Bricaire.
Le théâtre, désormais comporte deux salles et continue à connaître avec Daniel Auteuil, Roman Polanski, François Périer, Thierry Le Luron, Jean-Paul Belmondo et autres, des pièces à très gros succès, complétées par l’organisation des émissions de télévision « Au Théâtre ce soir ».
En 2000, François Pinault devient le propriétaire du Théâtre Marigny et fait appel à Robert Hossein pour assurer la direction artistique. En janvier 2008, celui-ci se retire et François Pinault nomme Pierre Lescure à la tête du Théâtre.